轻松构建系统发育树 实用操作方法和理论 第4版【2025|PDF|Epub|mobi|kindle电子书版本百度云盘下载】

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第1章 前言1

全新升级的软件2

什么是系统发育树？3

构建系统发育树：基本介绍4

扩展内容5

学习更多的原理6

关于附录Ⅲ7

计算程序简述以及如何获得它们7

如何感谢软件作者9

《轻松构建系统发育树》配套网站10

第2章 构建系统发育树11

为什么要构建系统发育树？11

关于这个教程11

搜索与你的目标序列相关的序列13

判断哪些相关序列可用于你的系统发育树分析15

下载序列20

比对序列23

构建一个邻接（NJ）树24

总结27

第3章 获取序列29

搜寻同源序列：什么样的序列可以用于构建一个系统树？29

进一步熟悉BLAST搜索30

使用BLAST的核苷酸检索页面32

使用BLAST搜索相关的蛋白质序列34

建树的最终序列选择37

用其他方式寻找感兴趣的序列（注意！风险较高）42

第4章 序列联配45

用MUSCLE软件联配序列45

检查和手工调整联配结果47

检查平均一致度来估测联配结果的可信度53

通过调整MUSCLE参数设置提升联配速度54

用ClustalW联配序列56

第5章 构建系统发育树的主要方法59

距离法和基于性状的方法62

你应该用哪一种方法？65

第6章 邻接树69

使用MEGA5构建邻接树69

无根和有根树82

估测系统树的可靠性84

如何处理蛋白质序列？90

第7章 绘制系统发育树93

改变系统树的外观93

为系统树置根106

保存系统树109

说明110

第8章 最大简约法113

MP搜索方法116

多个同等简约树117

最后的分析123

第9章 最大似然法127

用MEGA进行最大似然法分析129

用自展法估计ML树的可靠性137

如果是蛋白质序列会怎么样？138

第10章 用MrBayes程序构建贝叶斯树141

MrBayes概述141

用MrBayes估算树的一个通用策略146

创建执行文件147

如何运行你的MrBayes分析？151

更复杂（更有用）的“mrbayes blocks”151

当MrBayes运行时的屏幕输出154

如果你不能获取聚合是什么原因？155

蛋白质序列如何处理？157

可视化贝叶斯树158

使用FigTree软件160

第11章 使用不同的计算机平台165

命令行程序165

Macintosh平台上运行MEGA软件165

行结束符问题168

安装命令行程序169

命令行程序的运行环境172

获得和安装MrBayes176

运行公用程序177

第12章 使用GUIDANCE进行高级联配181

联配可靠性问题181

GUIDANCE是如何工作的182

用SmallData数据集阐述的例子182

GUIDANCE的应用193

第13章 重建祖先序列195

用MEGA的最大似然法重建祖先序列196

构建的祖先序列有多准确？204

第14章 检测适应性进化205

联配准确性对于检测适应性进化的影响206

使用MEGA检测适应性进化207

用codeml检测适应性进化211

总结218

第15章 系统发育网络219

为什么仅用系统树并不足够219

有根和无根的系统发育网络220

用SplitsTree估算无根的系统发育网络221

用Dendroscope软件从有根树构建有根网络237

第16章 最后的建议：学习编程245

附录Ⅰ 文件格式及其相互转换247

格式描述247

转换格式252

附录Ⅱ 其他程序255

附录Ⅲ 常见问题259

参考文献263